失敗
PPPoE 接続の設定が失われる。（権限がない）
MySQL がスタートしない。
MySQL はスタートをかけて、通常の再起動をかけないと設定が生きないところを、通常の正常起動をさせないままコピーをしたのが原因と思う。
MySQL→そもそも、 Yosemiteから起動の仕様が変わって、別途起動設定をしないとだめ。
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/osx-installation-launchd.html
PPPoE 接続については、いたん接続を切って、起動時に安定した状態の設定からスタートできるようにしておくことで回避できるか？
再設定すれば良いので、何とかなるけど、起動時に telephony で警告が出るのが気持ち悪いので。お試し。
いずれにしても、現状のマシンに落ち癖が出てきたため、HDDを変えるか、機体を変える必要性がある。